Posebne biljne vrste, odnosno zaštićene biljne vrste strogo su zakonom zaštićene. Zaštićene su zbog raznih razloga, ali najčešći razlog je jer im na bilo koji način prijeti izumiranje.
Runolist
Biljka koja je prepoznatljiva po svojim vunenim dlakama i bijelim cvijetom. Cvate u srpnju i kolovozu. Obitava na planinskim predjelima kao što su Dinara, Risnjak, Bitoraj te Lička Plješivica.
Velebitska degenija
Simbol je Velebita, ali i same Hrvatske. Nalazila se na kovanici od 50 lipa. Ima sivkaste plodove te uske listove, cvate početkom ljeta, otprilike svibanj i lipanj.
Zimzelena medvjetka
Zimzelena ljekovita biljka. Izgleda poput niskog puzavog grmića. Nalazi se na Velebitu i Gorskom kotaru. Karakteristična je po bijelim listovima, a cvjeta od ožujka do lipnja.
Hrvatska sibireja
Listopadni grm iz porodice ruža. Pronađena je samo na kamenjarima Velebita. Raste do 1m visine.
Dubrovačka zečina
Traga za suhim staništima s povećanom koncentracijom soli. Raste u pukotinama stijena i litica. Raste na obalnim dijelovima Cavtata, Splita i srednjodalmatinskih otoka.
Iako su ovo samo od nekih, još se ističu dalmatinska iglica, kukurijek, kockavica, tisa, alpski jaglac, visibabe i mnogi, mnogi drugi.
!!! ZAŠTIĆENIM BILJKAMA JE MJESTO U PRIRODI, NE U VAZI !!!